Fundado oficialmente el 30 enero de 1886, cuando el entonces gobernador del estado Mariano Jiménez, nombró como director al Dr. Nicolás León. Durante los primeros años, el acervo reunido por León fue itinerante: deambuló entre el colegio de San Nicolás y el Palacio de Gobierno. Finalmente en 1915, el Museo recibió una Ley Reglamentaria y un domicilio definitivo: la antigua casa de Isidro Huarte. Este comerciante y político navarro había adquirido en el año de 1772 el edificio cuya remodelación y adición del segundo piso concluyeron en 1775. En el siglo XIX, la casa tuvo varios propietarios hasta que fue comprada por Manuel María Malo en 1851. Su esposa, Francisca Román de Malo, como dama de honor de la emperatriz Carlota, alojó en ella a Maximiliano durante su visita a Morelia ocurrida en 1864. Después de ser adquirida por el estado en 1876, Mariano Jiménez destinó el edificio a la Academia de Niñas que permaneció de 1888 a 1915.